运管所有权扣留非法营运车辆。依据《道路运输条例》，非营运车擅自从事道路运输，运管所有权扣车。不及时处理可能导致车辆被长期扣留，甚至面临罚款等处罚。
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运管所能扣非法营运车。操作如下：1.若车辆被扣，先确认车辆是否非法营运；2.如是，配合运管所调查，了解处罚流程；3.按规定缴纳罚款，办理相关手续；4.取回车辆，并避免再次非法营运。
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常见处理方式为配合调查并接受处罚。若车辆被扣留，应首先核实车辆性质，若确属非法营运，则需按法规接受相应处罚，以尽快取回车辆。