土地流转费每年每亩1000元是否公平，需双方协商确定。法律依据：《土地流转管理办法》等规定，土地流转价格应由流转双方协商。若未经协商或协商不公，可能引发纠纷，影响土地流转合法性及双方权益。
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处理土地流转费问题，常见方式为协商与调解。法律角度下，建议首先尝试与对方友好协商；协商不成时，可寻求当地土地流转服务中心或相关政府部门调解。选择方式时应考虑效率与公正性。
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土地流转费问题处理：1.协商：双方直接沟通，确定每亩1000元是否合适，达成共识。2.调解：若协商有分歧，可请土地流转服务中心或政府相关部门介入调解，确保双方利益平衡。3.法律途径：如协商与调解均无果，可通过法律手段解决争议，保障合法权益。