在农村自建房纠纷中，若涉及土地所有权争议，双方当事人首先仍需进行协商。根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。因此，协商无果后，应申请人民政府处理，而非直接起诉。对政府处理决定不服的，才可依法起诉。这体现了法律对土地争议处理的特殊规定和程序要求。
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若农村自建房纠纷中双方愿意调解但调解未果，接下来权利人可以选择向有管辖权的人民法院起诉。具体操作包括：准备相关证据材料，如土地证、房产证、合同等；明确诉讼请求，如要求确认房屋所有权、赔偿损失等；到有管辖权的人民法院提交起诉状及证据，等待法院受理并开庭审理。
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从法律角度看，预防农村自建房纠纷，建议做到以下几点：一、明确土地使用权归属，确保建房前已获得合法土地使用权；二、签订书面合同，明确建房过程中各方权利义务；三、遵守相关法律法规，如规划、建设等要求；四、及时办理房产证等产权证明，确保房屋所有权合法明确。这些措施有助于减少纠纷的发生。